Postoji veliki broj bakterija i plesni koje bi mogle da uđu u proces, ali se sve mogu ukloniti neposredno pre pakovanja pomoću membranskih filtera. Mikrorganizmi mogu ući u proizvod iz dva pravca. Sama voda može nositi mikroorganizme. Čak i izvorska voda iz podzemnog izvora ima neke bakterije. Flaše ili pakovanje takođe mogu doneti mikroorganizme iz okoline ili iz vode koja ih pere i ispira.

Uklanjanje bakterija iz bilo kojeg proizvoda poboljšava kvalitet proizvoda i produžava rok trajanja. Membranski filteri za sterilizaciju se  koriste za kontrolu ili potpuno uklanjanje tih mikroorganizama.

Kontrola bakterija

Kontrola nivoa mikroorganizama u sistemu nije isto što i uklanjanje svih njih.  Kontrola broja mikroorganizama, vrši se pomoću filtera sličnih onima koji se koriste za sterilizaciju, ali zahtevi za performansama nisu toliko strogi. Smanjivanje bioburda u sistemu održava sistem čistijim, što olakšava čišćenje i dezinfekciju, a što je najvažnije u većini sistema štiti skupe filtere za sterilizaciju od prekomernog opterećenja koji će skratiti njihov život.

Sterilizacija

Sterilizacioni filteri predstavljaju poslednji korak u procesu pakovanja pića. Ovaj proces je kritičan za kvalitet finalnog proizvoda i rok trajanja. Za proizvodnju napitaka, filteri moraju ukloniti mikroorganizme koji mogu negativno uticati na životni vek trajanja i sigurnost proizvoda, uz očuvanje ukusa i karaktera vina, piva, sokova, bezalkoholnog pića ili flaširane vode.

Sterilna filtracija proizvoda je definisana kao uklanjanje svih bakterija iz fluida. Za filtere za koje se tvrdi da sterilišu moraju se dostaviti dokazi da mogu ukloniti mikroorganizme veličine onih koji su ciljani u korisnikovom sistemu. “Certificate of conformance” je dokaz da je filter prošao test integriteta pred isporuku i da su korišćeni materijali u skladu sa zahtevima industrije i aplikacije kojoj su namenjeni.